На базе центра работают такие лаборатории: профилактической и социальной кардиологии, научно-консультативная лаборатория, лаборатория интенсивной терапии и биоуправления, лаборатория медицинской электроники и лаборатория биохимии, лаборатория артериальной гипертонии, реабилитационная лаборатория для больных инфарктом миокарда, лаборатория хронической ИБС, лаборатория нарушений сердечных ритмов, лаборатория радиационной кардиологии, лаборатория компьютерной диагностики, лаборатория сердечной недостаточности.